清华曾坚阳研究组三维基因组研究成果入选2018年度“中国生物信息学十大进展”

稿件来源:清华大学网站2月15日报道 发布日期 2019-02-25

 

清华大学交叉信息研究院曾坚阳研究组2018年发表于英国着名期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)的三维基因组研究成果《基于流形学习的三维基因组结构重构》,近日经《基因组蛋白质组与生物信息学报》,简称GPB评审,成功入选2018年度中国生物信息学十大进展

解析基因组的三维结构对研究基因调控有着重要意义。近年来,基于高通量测序技术(例如Hi-C)的三维基因组建模方法得到了广泛研究,然而大部分方法都依赖于对基因相互作用频率与染色体空间距离之间的关系进行假设。 

曾坚阳研究组首次基于流形学习直接将基因相互作用数据映射到相应的欧几里得空间,并结合生物分子能量规律,对三维基因组结构进行建模。该方法在模拟实验和真实数据上的基因组建模精度均显着超过了已有的方法,并且能够准确地还原出基因相互作用频率与染色体空间距离之间的关系函数。此外,该方法首次利用解出的三维结构进一步重构出了测序实验中丢失的基因相互作用数据,利用该方法重构出的基因相互作用数据大部分都能从已知的数据中获得证实。